Program: dijkstraMorganHiggsViaSamplingRNAlocoptRNAsubopt.py
This program calls  greedyPathMorganHiggs.py
and uses misc.py

Usage: dijkstraMorganHiggsViaSamplingRNAlocoptRNAsubopt.py IvoAB.faa num method

Here, num is number of sampled structures (this list is weaned by removing
duplicates), and method is LM (RNAlocopt) or S (Sfold, ie RNAsubopt -p).

Program implements the 'indirect path' search algorithm of Morgan and 
Higgs, 'Barrier heights between ground states in a model of RNA
secondary structure' in J. Phys. A: Math. Gen. 31 (1998) 3153-3170.
This program calls program greedyPathMorganHiggs.py, which computes
the greedy direct path between source A and target B, for any given A,B,
where a direct path (trajectory) A = S0,S1,...,Sn = B has property that
base pair distance dist(Si,S_{i+1})=1 and each Si contains base pairs
from either A or B; i,e,. Si subseteq A union B. The indirect path from
A to B is obtained by computing all greedy direct paths between structures
from an input file of sampled structure, and using Dijkstra to piece
together optimal path consisting of greedy hops between sampled structures.


Output of
  dijkstraMorganHiggsViaSamplingRNAlocoptRNAsubopt.py IvoAB.faa 100 S

>  Iva toy example
GGGCGCGGUUCGCCCUCCGCUAAAUGCGGAAGAUAAAUUGUGUCU
((((((((((...(.(((((.....))))).)...))))))))))   -17.80
((((((((((...(.(((((.....))))).)...))))))))))   -17.80
((((((((((.....(((((.....))))).....))))))))))   -17.70
((((((((((.....(((((.....))))).....))))))))))   -17.70
(((((((.((.....(((((.....))))).....)).)))))))   -14.10
(((((((..(.....(((((.....))))).....)..)))))))   -12.90
(((((((........(((((.....)))))........)))))))   -14.39
((((((((....)..(((((.....)))))........)))))))   -11.70
((((((.(....)..(((((.....))))).........))))))   -12.30
((((((((....)).(((((.....))))).........))))))   -13.80
.(((((((....)).(((((.....))))).........))))).   -13.40
.(((((((....)).(((((.....))))).........))))).   -13.40
.(((.(((....)).(((((.....))))).........).))).   -9.10
.(((..((....)).(((((.....)))))...........))).   -11.50
.(((..((....)).(((((.....)))))....(.....)))).   -5.50
.((...((....)).(((((.....)))))....(.....).)).   -2.00
.((...((....)).(((((.....)))))...((.....)))).   -2.40
.(....((....)).(((((.....)))))...((.....)).).   -2.80
.(....((....)).(((((.....)))))..(((.....)))).   -3.70
......((....)).(((((.....)))))..(((.....)))..   -6.30
(.....((....)))(((((.....)))))..(((.....)))..   -1.20
(.....((....)))(((((.....))))).((((.....)))).   -4.80
(......(....).)(((((.....))))).((((.....)))).   -0.80
((.....(....)))(((((.....))))).((((.....)))).   -4.80
((...........))(((((.....))))).((((.....)))).   -8.50
(((.........)))(((((.....))))).((((.....)))).   -11.50
((((.......))))(((((.....))))).((((.....)))).   -15.00
(((((.....)))))(((((.....))))).((((.....)))).   -16.20
(((((.....)))))(((((.....))))).((((.....)))).   -16.20
(((((.....)))))(((((.....)))))(((((.....)))))   -15.80
Max energy -0.80

============================================================

Output of
  dijkstraMorganHiggsViaSamplingRNAlocoptRNAsubopt.py IvoAB.faa 100 LM

GGGCGCGGUUCGCCCUCCGCUAAAUGCGGAAGAUAAAUUGUGUCU
((((((((((...(.(((((.....))))).)...))))))))))   -17.80
((((((((((...(.(((((.....))))).)...))))))))))   -17.80
((((((.(((...(.(((((.....))))).)...))).))))))   -14.80
((((((..((...(.(((((.....))))).)...))..))))))   -16.10
((((((..((...(.(((((.....))))).)...))..))))))   -16.10
((((((..(....(.(((((.....))))).)....)..))))))   -14.90
(((((((.(....(.(((((.....))))).)....).)))))))   -13.00
(((((((((....(.(((((.....))))).)....)))))))))   -16.60
((((((((((...(.(((((.....))))).))...)))))))))   -11.70
((((((((((.....(((((.....)))))..)...)))))))))   -11.40
(((((((((((....(((((.....))))).))...)))))))))   -16.00
(((((((((((....(((((.....))))).))...)))))))))   -16.00
((((.((((((....(((((.....))))).))...)))).))))   -11.70
((((..(((((....(((((.....))))).))...)))..))))   -8.70
((((...((((....(((((.....))))).))...))...))))   -7.50
((((....(((....(((((.....))))).))...)....))))   -5.80
((((.....((....(((((.....))))).))........))))   -8.72
((((......(....(((((.....))))).).........))))   -6.16
((((...........(((((.....)))))...........))))   -9.45
(((((.....)....(((((.....)))))...........))))   -5.90
(((.(.....)....(((((.....)))))............)))   -3.60
(((((.....))...(((((.....)))))............)))   -4.20
((.((.....))...(((((.....))))).............))   -4.40
(((((.....)))..(((((.....))))).............))   -6.90
(.(((.....)))..(((((.....)))))..............)   -5.10
(((((.....)))).(((((.....)))))..............)   -7.50
.((((.....)))).(((((.....)))))...............   -13.00
(((((.....)))))(((((.....)))))...............   -15.50
(((((.....)))))(((((.....)))))...............   -15.50
(((((.....)))))(((((.....)))))(.............)   -8.62
(((((.....)))))(((((.....)))))((...........))   -11.80
(((((.....)))))(((((.....)))))(((.........)))   -12.90
(((((.....)))))(((((.....)))))((((.......))))   -14.70
(((((.....)))))(((((.....)))))(((((.....)))))   -15.80
Max energy -3.60